הוועדות היא המסגרת שבה ממקדת המועצה את עבודתה. זהו למעשה הפורום הציבורי-מקצועי של הרשות המקומית:
הזירה שבה נפגשים נבחרי הציבור יחד עם חברי ההנהלה והדרגים המקצועיים הבכירים ברשות ושומעים את המומחים והיועצים השונים בסוגיות השונות בהם עוסקת המועצה .

במועצה אזורית מבואות החרמון  פועלות הוועדות הבאות:
ועדת חינוך , ועדת מכרזים , ועדת הנחות , ועדת תמיכות , ועדת משמעת וועדת מל"ח